Pour les étudiants diplômés qui désirent s’engager dans des études doctorales, ou les enseignants-chercheurs, qui souhaitent pouvoir orienter et encadrer les jeunes doctorants, la thèse peut, selon le pays de l’université d’appartenance - l’Allemagne, la France ou la Suisse -, revêtir des aspects différents dont la cotutelle binationale n’est qu’une forme possible. Dans l’espace trinational où sont implantés les établissements d’enseignement supérieur et de recherche d’Eucor, on recense aujourd’hui quatre types de thèses de doctorat : La thèse classique nationale, la thèse nationale ou internationale en co-direction, la thèse européenne et la thèse binationale (cotutelle).
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